真空镀膜过程可能会对基底材料晶体结构产生多种改变。在镀膜过程中，高温、离子轰击等因素会使基底材料的原子获得额外能量。当能量足够时，基底晶体中的原子可能会发生位移，导致晶格畸变。若镀膜材料与基底材料有一定的互溶性，还可能形成新的固溶体或化合物，改变原有的晶体结构。
 另外，镀膜的应力也会对基底晶体结构产生影响，拉应力或压应力可能使晶体产生位错、孪晶等缺陷。这些晶体结构的改变会影响基底材料的物理和化学性质，如硬度、导电性等。